Bereits zur Jungsteinzeit, dem Neolithikum (9.500 bis 3.300 v. Chr.), war Niendorf besiedelt – davon zeugen noch heute zwei Großsteingräber mit Dolmen in der näheren Umgebung des Schlosses: Aus der Bronzezeit stammen die Hügelgräber am Dornbusch und im Bastorfer Holm.

Im ersten Viertel 13. Jahrhunderts begann die Landnahme durch deutsche Siedler, der Ort „Nypendorp“ wurde erstmals 1318 erwähnt. Das Hohen Niendorf wie wir es heute kennen, war zu Zeiten des Dreißigjährigen Krieges (1618 bis 1648) Herrensitz der Familie von Bülow. 1761 erwarb Oberjägermeister Gottlieb Heinrich von Brand das Gut. Als er neun Jahre später verstarb, begann die tragische Geschichte von Hohen Niendorf: In den nächsten 100 Jahren wechselte es häufig die Besitzer.

1864 ließ Friedrich Bobsien auf dem Anwesen ein Herrenhaus im neogotischen Stil errichten. 1900 kaufte Landrat Helmuth von Oertzen-Roggow Niendorf für seine Tochter Eleonore – als Mitgift für ihre Hochzeit mit dem späteren Grafen Hans Wichard von Wilamowitz-Möllendorff, der es 1912 in ein Jagdschloss umbaute. 1945 wurde die Familie Wilamowitz-Moellendorf 1945 vertrieben und Umsiedler bewohnten das Jagdschloss.



Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs änderten sich wiederum die Besitzverhältnisse: Hohen Niendorf war das erste Gut der sowjetischen Besatzungszone, das im Zug der Bodenreform aufgesiedelt wurde: „Junkerland in Bauernhand“ hieß die Parole. In den 1970er Jahren musste es dann als Bezirksgewerkschaftsschule herhalten. In den Jahren von 1990 bis 2009 verfielen das Jagdschloss und die Parkanlage.

Erst in den Jahren 2009 und 2010 erfolgte eine Sanierung durch den Architekten Nicolaus Wöhlk, Kühlungsborn.